يمكن الإشارة كذلك لجهود ابن فرناس في الطب والصيدلة حيث درس خصائص بعض الأمراض وتوصل إلى علاجات لها عبر الأعشاب والنباتات وكان قد اتخذ كذلك طبيبا لدى قصور الأمراء في الأندلس، وكان يشرف على طعامهم والوجبات الغذائية.
في فلسفته قام منهجه على التحقق من النظريات شاجبًا القبول بالأمور الظاهرة والمبسطة حيث لابد من قراءة ومعرفة ما وراء الأمور ودقائقها.
وقد اتهم عباس بن فرناس جراء ما قدمه من حيل واختراعات على أنه مشعوذ ومجنون، وقام حساده والجهلاء بالوشاية به إلى أن أوصلوه إلى القاضي سليمان بن الأسود الغافقي الذي عقد مجلسًا وحكم عليه بممارسة الشعوذة، وكان من رد عباس أن ما يقوم به هو العلم وليس السحر أو الشعوذة وضرب مثلا بقوله لمعارضيه:
“لو أتيت بالطحين ووضعته بالماء وعجنته، ليكون منه العجين، ووضعته على النار في التنور ليصبح خبزًا، وهو مختلف الحال، أيكون ذلك مُحَرّماً أم لنفع الناس؟ فقالوا: لنفع الناس. فقال: هذا ما أصنعه لاستخرج ما ينفع الناس” فحكم القاضي ببراءته.
لكن لم تنته المؤامرة هنا إذ زج به من جديد متهما بالزندقة وحوكم أمام العامة بالمسجد الكبير وتمت تبرئته، غير أنه ضرب إلى أن أغمي عليه.
ومضى الرجل مخلفًا أثره إلى اليوم كما في قرطبة حيث يجلس الجسر المسمى باسمه الذي افتتح في 14 يناير 2011م، على نهر الوادي الكبير وفي منتصفه تمثال لابن فرناس مثبّت فيه جناحان يمتدان إلى نهايتي الجسر، وهو من تصميم المهندس الإسباني خوسيه لويس مانثاناريس خابون، وفي رندة، افتتح مركز فلكي يحمل اسمه.
