ورغم أن الظروف لم تمكنه من إتمام هذه الحملة، فإن رعب الفرنسيين منه جعل نابليون يسمح له بالعودة إلى مصر بعدما أبقى ابن الشيخ عنده في القاهرة، وعاد حسن طوبار إلى دمياط».
لم يعمر حسن طوبار طويلاً. توفي في عام 1800، ولم تهتم أية جهة بقبره أو تخليد ذكراه وتاريخه سوى الرئيس جمال عبد الناصر الذي زار قبره ووضع إكليلاً من الزهور عليه، كذلك أصدر قراراً جمهورياً حمل رقم 2300 في عام 1962 باعتبار قصر المجاهد حسن طوبار مزاراً أثرياً يضمّ متعلقاته الباقية.
وأشارت هانم طوبار، حفيدة المجاهد، إلى عرض وثائق مراسلات نابليون وكليبر وصور الرسائل التاريخية إلى طوبار من محمد علي باشا وإبراهيم باشا، كذلك صور المجاهد وملابسه وسيفه إلى المتحف المصغر وحسن طوبار هو الجد الأكبر للشيخ نصر الدين طوبار أحد أشهر من أدوا الابتهالات والتواشيح الدينية في مصر
